《宇宙战舰大和号2》的故事开始于加米朗星球，与大和号分别的德斯勒在踏上寻找新边界的旅程之前，在此停留。黑暗星云帝国正在开采加米拉西姆。德斯勒对此感到愤怒，于是发起了攻击，战斗的结果是加米伦星球被摧毁。随着加米伦星球的消失，作为双星系统一部分的伊斯坎达尔开始失控。与此同时，在地球上，大和号上新船员正在接受训练。大和通过向德斯勒求助的通讯得知了伊斯坎达尔的危机后，受地球防卫军首领的命令前往伊斯坎达尔营救斯塔莎和古代森情节充满了悬疑与幽默